尽管丘小庆的论文受到各方质疑，有几个事实不容改变。目前没人有直接证据证明他造假，没有机构对此作出鉴定，Nature Biotech编辑部没有撤稿也没有作出更正。当事人一方与原告有过利益冲突，另一方（被告）则自己发表过论文承认丘小庆的结果。法官没有能力对各方质疑作出判断，也不象医疗事故鉴定那样可以指定某专门机构作出鉴定。在这种情况下判丘小庆胜诉是意料之中、情有可原的。
由摘录的判决书部分段落来看，法官根本就是混淆了伪科学与学术造假，我想他只是从法律角度来看侵权是否成立。没有几个法官愿意审这样的案子，标的区区一万元，还可能承受舆论方面的压力，所以连判决书都一抄了事。同意方舟子的观点，学术争议由法院来判是不合适的。怪只怪没有健全的制度，不要怪法官。