按正在审议的民事诉讼法修正案草案，申请再审应向上一级法院提出，但该草案还没施行：
http://www.legaldaily.com.cn/0705/2007-06/25/content_645216.htm

判决书说“庭审中，方是民、科技报社均承认依现有证据无法直接证明刘子华生前对其生平及理论进行过大范围的传播，以恶意欺骗世人，盗取名誉”。所以，可以先以“有新的证据，足以推翻原判决、裁定的”为再审事由向北京高院申请再审。如果不行，下一步再向最高法院提出申请。

可以提取刘子华1989年出版的《八卦宇宙论与现代天文》中的部分文字作为新证据。如果能找到解放前刘子华“大言不惭地到处宣扬“我怎样发现一颗新行星””的证据更好，如果找不到，可以用以前没有提交过的卞德培的文章作为间接证据。

新证据还有刘子华书中提到的下列书刊：“《人民日报（海外版）》（1987年12月13日），《科学报》（1987年12月11日），《科学时代》（1983年第3期），《科学博览》（1988年第4期），等等”。
以及卞德培提到的下列书刊：
四川《科学文艺》1983年第1期……报告文学《隐没着的星》……1983年8月号《新华月报》（文摘版）转载了 1983年第3期《科学时代》上的一篇文章，题目为《太极八卦图与现代科学》……把这项“发现”列为知识竞赛题目之一，如 1983年第 10期《山西青年》的《中华的世界第一》

另外，按《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》，间接证据同样有效，尽管“直接证据的证明力一般大于间接证据”。
所以判决书“依现有证据无法直接证明……”说法不能令人信服。实际上，依现有证据（“涉案文章中提到的张钰哲的文章、解放前报纸上刊登的朴英的文章、李元的所谓“木王星”根本不存在的文章”）完全可以“间接证明”，而刘子华书中的部分内容则可以“直接证明”。