◇◇新语丝(www.xys.org)(xys3.dxiong.com)(www.xysforum.org)(xys2.dropin.org)◇◇ 也说说施一公Science论文的错误 作者:Jerry Ni   方舟子博士:   昨天我就施一公的新Science论文给你写了一封电子邮件。昨晚我根据他们 的密度图真正仔细研究了这两个结构,现在我有了一点不同的结论,列在下面澄 清。若有误导我很抱歉。   一、两篇论文的突变研究都是正确的,没有晶体结构也能得到。关键的氨基 酸残基为W93(两篇论文的共同残基),W202, W293,加上施的论文中多出的两个 残基E208和Y365。实际上,所有这5个残基在三维结构中都彼此靠得很近,表明 它们全都涉及底物结合或在结合部位的开口,还有待底物复合体结构的进一步证 明。   二、至于结构方面,Chris Miller的结构是完全正确的,导致所有氨基酸残 基都在正确的位点。基本上,施一公的结构有40%是错误的。为什么我这么说呢? 因为施一公小组正确地排列了从1到大约160的残基,但是在那之后,在侧链排布 方面就搞错了,因为施一公不佳的密度图不允许做精确的排布。更糟糕的是,施 一公小组在建模时,把整个结构位移了大约10埃,就像在桌上稍微移了一下茶杯。 这就是为什么Chris Miller提到施的结构中有3-4个残基的位移。   虽然施一公不是有意犯了这样的错误,但是在这一领域,这是一个巨大的错 误。   对一名严谨的晶体学家来说,如果你无法在密度图上看到侧链原子,恰当的 做法应该只是排列主链,然后检验所有的有效参数,确保主链的位置是正确的。 显然,施一公的研究生或他本人没有对构模以足够的重视。   三、在科学严谨方面没有别的话可说。施一公应该承认这个错误,并做出回 应。让我们等着瞧! (XYS20090711) ◇◇新语丝(www.xys.org)(xys3.dxiong.com)(www.xysforum.org)(xys2.dropin.org)◇◇