◇◇新语丝(www.xys.org)(xys.dxiong.com)(xys1.dyndns.org)(xys.3322.org)◇◇ 加入网格计算，找寻SARS解药 ——专访参与“非典”科研攻关的旅美华人科学家许田 新华社 　　只要你是一位能上网的个人电脑用户，就有机会为早一天找到对抗非典型肺 炎的特效药贡献一份力量，为人类在与“非典”病毒的赛跑中增加一份优势。你 所需要付出的，只是电脑闲置不用的时间。 　　旅美华人科学家、耶鲁大学医学院遗传学助理教授许田参与领导的Ｄ２ＯＬ 网格计算项目，最近将“非典”病毒列为运算目标之一，希望能集大量个人电脑 之力形成一台虚拟的超级计算机，加速进行抗“非典”药物筛选。 　　希望参与这个项目的个人电脑用户，只需要到http://www.d2ol.com网站下 载并安装一个软件。该软件名为“药物设计优化实验室”，简称Ｄ２ＯＬ，它启 动后以后台方式运行，利用电脑的闲置运算能力工作，自动从网站获取数据包， 运算完成后自动发送回去，一般不需要用户干预。 　　网格计算是在个人电脑普及和互联网发展的基础上产生的一种新型运算方式， 它通过网络联合众多个人电脑的力量，利用这些电脑的闲置运算能力来解决需要 大量科学运算的问题。 　　Ｄ２ＯＬ网格计算项目由美国罗斯伯格儿童疾病研究所主持，该研究所是设 在耶鲁附近的一家非营利科研机构，许田是研究所科学顾问委员会主席。他同时 也是上海复旦大学的访问教授，在这次“非典”危机中主动请缨参加上海市的科 研攻关。 　　许田在接受新华社记者电话采访时说，Ｄ２ＯＬ项目筛选出比较有希望成为 抗“非典”药物的化学物质后，复旦大学的科学家将在实验室中将这些物质作用 于“非典”病毒，观察实际效果。此外，运算结果还将立即在网上无偿公开，供 全世界所有研究者共享。 　　Ｄ２ＯＬ项目于２００２年上半年启动，起初的运算目标是埃博拉病毒、炭 疽热杆菌和天花病毒。由于最近几个月来“非典”在世界特别是中国肆虐，焦虑 万分的许田和他的美国同事们决定将“非典”病毒加入运算目标之列，并作为目 前的工作重点。自“非典”部分的运算４月１７日启动以来，截至５月１０日， 参与Ｄ２ＯＬ项目的个人电脑已由原先的２．９万台增加到５．５万台。 　　许田说，以生物学为基础，通过互联网利用个人电脑的闲置时间来进行计算 机筛药，是近几年才出现的一种研制药物的新方法。单独一台个人电脑的能力很 微小，但许多台结合起来，就能形成非常强大的运算能力。他说，现在参与Ｄ２ ＯＬ项目的５．５万台个人电脑，力量已经超过１０台最好的超级计算机。 　　传统的新药研制方法，是在实验室里直接将化学物质作用于病菌或毒等等病 原体，或与病原体活性密切相关的蛋白质，观察哪些物质能抑制病原体生长。由 于很难预期数以百万种计的化学物质中哪些可能有效，逐一试验的过程需要耗费 大量人力物力。通常一种新药的研制需要十多年时间、几亿乃至十几亿美元。 　　分子生物学的发展，使人们能够预先在计算机上对化学物质进行筛选，挑选 出少数比较有潜力的物质，然后在实验室中进行有针对性的试验。 　　许田说，病毒的活性与特定的蛋白质密切相关，如果一种化合物能与其中某 一种蛋白质的活性中心紧密结合，使该活性中心不能再与人体细胞里本来的攻击 目标结合，就可以使蛋白质失活，妨碍病毒生长。药物筛选，就是寻找能与目标 蛋白质结合得最好的化学物质。 　　他说，打一个通俗的比喻，目标蛋白质好比是一把锁，拿一个与锁孔比较相 配的东西塞进去把锁孔堵上，钥匙就不能再开锁，锁也就坏了。知道目标蛋白质 的分子结构，也知道待选化学物质的分子结构，好比知道锁的结构和堵塞物的形 状，可以用计算机先算一算哪种形状的堵塞物最有效，大大减少实际试验的范围。 　　这样的筛选工作运算量极为庞大，需要超级计算机才能完成，代价昂贵。而 利用网络把许多普通的个人电脑连起来，利用其闲置能力进行运算，可以大大加 快新药研制的速度。 　　许田说，现在Ｄ２ＯＬ项目已经算出了几种比较有希望的抗“非典” 物质。 上海市正在加紧建设进一步研究需要的动物实验室，建成后，科学家将根据积累 的运算结果在小鼠身上进行动物试验。 　　他说，现在还不能预期Ｄ２ＯＬ最终是否能帮人们找到对抗“非典” 的特 效药，但既然疫情如此严重，就必须进行努力。他们希望对１００万种物质进行 筛选。此外，目前的运算目标只是“非典”病毒众多蛋白质的一种蛋白酶，将来 还有可能需要对其它蛋白质进行计算，因此需要尽可能多的个人电脑加入进来。 　　目前，互联网上最大的网格计算项目是分析射电望远镜数据、寻找地外智慧 生命的ＳＥＴＩ＠ＨＯＭＥ计划，参与该计划的计算机已接近４５０万台。 　　软件下载地址： 　　http://www.d2ol.com/dOL/download_instructions.html 　　附三思网友提供的补充资料： 简单FAQ（生命虫子提供）： 　　1、下载后安装，这个没有什么可说的 　　2、开机不会自动运行（可在软件参数里面选择开机运行），人工运行后在 系统托盘有一个小图标 　　3、该软件运行原理是，从网站上下载数据包，计算完成后将结果发回，重 新下载新的软件包。缺省参数设置下，软件认为计算机一直连在网上。因此如果 你一直连在网上的话，不需要干预这个软件的运行，也不需要保存结果。一个数 据包算完后，如果不能上网，托盘图标会变成红色（灰色？反正绿色代表正在运 行） 　　4、对于P4 1G的机器，一个数据包要算约2小时。 　　5、该软件目前计算6种病毒的候选药物，分别是炭疽、天花、SARS、埃博拉 病毒、肉毒杆菌毒素和鼠疫。用户不能选择某个病毒，估计是循环算的（或者随 机？）。 　　6、如果想停止软件的运行，用鼠标右键点击后选择‘Suspend Tasks’即可。 　　7、计算机的内存大点儿可能有好处。后台计算的时候CPU占有率100％，但 并不影响上网和文字处理。 　　补充说明（冷饭提供）： 　　在Windows底下Task Manager中可以看见这个程序的进程名为GridWin.exe。 它的运行优先权为最低，所以一般来说如果你的计算机没有什么工作要做，它就 获得了所有的CPU资源，但是如果你有其他事情要做，它就会占用很少的资源。 它的内存资源占用在我这里总是约20M。如果你把它挂起，也就是右选托盘中的 图符再选Suspend Task，它就不占用什么资源了，当然它也就不工作了。所以如 果你只是上上网打打文章，完全可以开着它，如果要玩游戏作计算，那最好关了， 或挂起这个程序。用户不能选择某个病毒，我现在算的就是埃波拉病毒。 　　如果你关了游戏或退出程序，它已经计算好的结果不会丢失，等下次运行而 且你连着网时就会送出去。你不需要一直连着网，它会下载大约需要12到24小时 计算的数据（可以把Properities/General/Candidate queue size增大以增大预 先排队需要计算的数据量，如果你不经常连网的话。） 　　再补充（碧声）： 　　1、国内教育网用户可能很难连通软件下载页面，即使下载安装成功，连接 该网站也比较困难。不过D2OL软件支持代理服务器，可以试试。 　　2、如果非教育网宽带用户也发现很慢或连不上，表明参与人数较多、服务 器负荷很重。请过几小时或一两天再试。让我们期待服务器硬件赶紧升级…… 　　3、欢迎传播此页面。这是一场与病毒的赛跑，多一分力量，就能多争取一 点时间。 (XYS20030511) ◇◇新语丝(www.xys.org)(xys.dxiong.com)(xys1.dyndns.org)(xys.3322.org)◇◇