在他夫人死后解放奴隶。连他们反抗的英国统治者都先于他们在帝国殖民地废奴了，难怪萨缪尔.约翰逊讽刺美国国父们的伪善：怎么回事，对自由最大声的呼喊竟然来自黑奴主？
不过杰斐逊原来在独立宣言中严厉声讨了奴隶制的，但被代表们删掉了，富兰克林还为此安抚他的愤怒。之后起草的美国宪法也明显保护奴隶制，恐怕也是对现实的妥协，因为当时南方诸州是牢固的黑奴制大本营，1790年的普查表明全国几乎每个州都有蓄奴，这种妥协很大程度上也是出于对终结奴隶制会引发内战的担忧。这种担忧数十年后还是不可避免地发生了，代价是超过50万人死亡。用杰斐逊的话说：狼就在我们耳边嚎,可我们既抓不住他，也没法安全地让他走。