我觉得这个法院要判方舟子诽谤的理由可能是：虽然方舟子依据的分析材料不是捏造的，但是他在没有确凿证据的情况下指责韩寒作品有代笔的说法是捏造的。因为受到方舟子关于韩寒有代笔的说法的影响，社会上怀疑韩寒的人开始多了很多，客观上导致韩寒名誉受到损失的事实发生。因此诽谤成立。