辛亥革命后，民国建立，八旗制度走到了尽头。辛亥革命给青州满族人民带来了两大变化：一是青州旗兵的日渐衰败；二是青州满族人民经济和生活上的更生。
中华民国临时政府成立后，青州驻防城副都统吴延年率八旗兵民接受诏书，拥护共和。至1925年，青州驻防马步联军的编制一直保留未动，但粮饷出现了严重困难。北城派代表赴省上访，要求按中华民国的优待条件，解决八旗兵民的生计问题。当时青州地方官为了借助驻防营兵力，维持地方治安，也愿保留这支军队，于是报请省批准，在地方赋税附加款内，拨给一定数额的补助费来维持八旗兵民的生活。另外，自民国元年以来，北洋政府委派的历任山东军政大员、武官都是清朝旧臣或间接与清廷有关系的人。尤其是督军田中玉，在他早年当营长时，曾在青州结婚，当时与北城官员往来密切，因此，他升任督军后对旗城武装自然给予照顾。此外，旗兵得以保留与迁居南城的满族绅士祁锡璋也有关系。
但因僧多肉少，多数旗民生活难以维持。到了民国二年（1913年）经费开始缩减，约在民国十一年（1924年）全部停发。1925年青州旗人代表来济南请愿要求生活出路，投靠了军阀张宗昌，自此，青州马步联兵改编为陆军步兵团，共 1766人，结束了满族的骑射传统，粮饷服装均按张宗昌部队待遇。可惜好景不长，1928年春，国民党四大军事集团联合北伐，奉军节节溃败，张宗昌于4月底率直鲁联军离开山东撤入直隶，青州旗兵丧失新主。
丧失了张宗昌这位新主人后，青州旗兵在1929年前后与土匪武装刘振彪、窦宝璋等发生了一次混战，在此战中，青州旗兵团被彻底打垮了，至此，这支历史悠久的武装就解散消失了，正式宣告建制近200年的青州八旗最终消亡。