关于哌醋甲酯（利他林）及其它儿童服用的中枢兴奋药的副作用，常见的有这些：食欲减退、失眠、头晕、体重减轻，此外还可能出现过敏、精神运动性兴奋、恐惧和被跟踪的妄想，偶见腹痛。这些副作用一般是写在药品说明书上的，尚不是最严重的，严重的是下面这些不写在说明书上的：
中枢兴奋药抑制体重及身高的增长，连续服用中枢神经类药物两年的小孩，比对照组儿童平均身高低1.5厘米。⑺长期服用可能会导致身材矮小。
美国心理健康国家研究所发布的一项神经学研究显示，不服用儿童注意缺陷多动症药品的儿童右脑大脑皮层在7岁半的时候达到最大厚度，而用药儿童达到右脑大脑皮层最大厚度的时间比非用药儿童晚3年。也就是说，服用哌醋甲酯类药品，影响了儿童的智力发育。
儿童体重较轻，正处于发育期，身体各器官尚未完全成熟，他们对合成化学物毒性的抵抗力非常脆弱，长期使用此类药物会对各器官的发育形成不良影响，甚至留下隐患。
2007年02月22日，搜狐新闻网转引《法制晚报》消息称，美国食品药品管理局（FDA）发布通告，在1999～2003年间使用治疗ADHD药品的病人中发现25人死亡，其中包括19名儿童；同时，一份FDA报告显示，治疗ADHD药品还使用药者出现精神病症状的危险几率上升了千分之一，比如用药患者会出现听觉幻觉、无端怀疑、狂躁不安等精神病问题。FDA建议，利他林应该在药品说明书中加入黑框警告，提醒人们这类药品可能会增加用药者死亡以及身体和精神伤害的风险。