基因组扫描目前也多集中于医学研究了。

动物育种，至少全世界的奶牛育种正逐渐转向全基因组选择，即绕过基因检测，直接估计标记效应，再利用这些标记效应估计个体的育种值。其效果出奇的好，避免了后裔测定，成本降低，而且个体一出生就有育种值估计。随着芯片成本的进一步降低，这种方法将会用到其它物种。

身高的研究不能不提2008年nature genetics的一系列文章，其中有一篇Peter Visscher的综述，其精华就是现在人们经常提到的“丢失的遗传力”，身高的遗传力非常高，大约超过70％，环境的影响相对较小。但是从很多项目，比如糖尿病项目，癌症项目等中收集到的6万个人身高记录（不单记录了发病，还有身高、体重等，每个人都有50K左右的snp基因型）来看，全基因组扫描（关联分析）所找到的基因寥寥无几，效应最大的大约0.5cm。这些基因加起来总共解释了总的身高变异的5％左右（还要注意，扫描结果的效应是高估的）。大部分影响身高的基因没看见。这说明早先数量遗传学微效多基因的假说虽然错（基因有限，大小不一），但这个假说更接近事实。