碱基的相似性，和等位基因上的相似程度不是一回事。举个例子，两个人有五个基因来对比，假如五个基因一共有5000个碱基对，这两个人在这五个基因上每个各有两个碱基的不同。那么这五个基因在两个人上碱基相似度是1 - 2 X 5 /5000 = 99.8%，可是因为每个基因在这两人身上的都是不同的等位基因，所以他们的基因相似程度其实是零。