背景：2004年7月21日，在施一公倡导下，11名海外生物学家，即所谓吴瑞协会（Ray Wu Society For Life Sciences, Inc. ）的11名理事，联名给温家宝总理写信，强烈质疑由贺福初，饶子和，裴刚，陈竺联合提出的蛋白质研究计划。
看看当年还在作研究生的颜宁怎么说的：
2004年7月25日（00:04:49）颜宁（nyouyou）在Unknown Space - 未名空间跟贴“Re: 转载:人民大会堂消息:海内外华裔生物学家分裂”（http://www.smth.edu.cn/bbsanc.php?path=%2Fgroups%2Fthu.faq%2FDBSB%2FTEMP%2FDiscussion20040725%2FM.1090728524.D0）。
其贴内容说：“这则消息的的笔调也太偏了吧？‘不懂中国国情’，我可能太落伍了，但25亿人民币搞什么‘蛋白质计划’，全世界也没这么奢侈吧。中国有这么富吗？为什么我知道的一些海归PI为了每年20万人民币的经费而发愁呢；有人看过他们起草的‘反对意见’吗？要不要找出原文，让大家自己判断到底谁是一心为国，谁是为了自己的权力而结党营私？‘妒忌国内海龟发展’。施一公王小凡们为了把海外人才引进清华不知费了多少心思。也许他们的工作还不完善，但这份尽心尽力足以让人感动。施一公轻易拒掉可以几天收入几千美元的consulting邀请，因为他宁愿把时间花在实验室。但是为了清华，搭进去多少时间都没有埋怨。‘图灵奖’获得者姚期智先生去清华，施一公兴奋不已，慨叹如果各个领域都有数十位这样真正的大师回去，中国科学振兴指日可待。Shi Lab一个post-doc（说明：指柴继杰，1966年生，1999-2004在Shi Lab作了5年post-doc）回北京NIBS（说明：指北京生命科学研究所）做PI， 施一公相助之慷慨没有第二人能及。这叫妒忌？‘百万年薪’，你可以找清华的领导核实一下再发言。‘不管国内做研究的人的死活’，到底谁不管研究的好坏，研究者的死活？动辄数亿数十元地申请有名无实的项目，而不考虑中国研究经费的现状，中国的现状。哎，中国著名的‘大科学家’哪，当你有了名利权，还请问问你自己的良心，还请睁眼看看这个中国！”
不到24小时，2004年7月25日（13:38:53）颜宁（nyouyou）又在BBS 水木清华站的DBSB信区发贴，标题“愤怒驳斥<<人民大会堂消息:海内外华裔生物学家分裂>>”，内容与上贴大同小异（http://www.smth.edu.cn/bbsanc.php?path=%2Fgroups%2Fthu.faq%2FDBSB%2FTEMP%2FDiscussion20040725%2FM.1090733933.10）。
其贴内容说：“这则消息的的笔调也太偏了吧？‘不懂中国国情’，我可能太落伍了，但nn亿人民币搞什么‘蛋白质计划’，全世界也没这么奢侈吧。中国有这么富吗？为什么我知道的一些海归PI为了每年20万人民币的经费而发愁呢；有人看过他们起草的‘反对意见’吗？要不要找出原文，让大家自己判断到底谁是一心为国，谁在搞科学界大跃进？‘妒忌国内海龟发展’。施一公王小凡们为了把海外人才引进清华不知费了多少心思。也许他们的工作还不完善，但这份尽心尽力足以让人感动。施一公轻易拒掉可以几天收入几千美元的consulting邀请，因为他宁愿把时间花在实验室。但是为了清华，搭进去多少时间都没有埋怨。‘图灵奖’获得者姚期智先生去清华，施一公兴奋不已，慨叹如果各个领域都有数十位这样真正的大师回去，中国科学振兴指日可待。Shi Lab一个post-doc回北京NIBS做PI， 施一公相助之慷慨没有第二人能及。这叫妒忌？‘百万年薪’，你可以找清华的领导核实一下再发言。‘不管国内做研究的人的死活’，到底谁不管研究的好坏，研究者的死活？动辄数亿数十元地申请有名无实的项目，而不考虑中国研究经费的现状，中国的现状。我从没和那些中国著名的‘大科学家’ 打过交道，但当你有了名利权，还请问问你自己的良心，还请睁眼看看这个中国！另，迄今为止，我所听说的是，海外生物学家们在欣喜国家对生物投资的同时，呼吁建立合理科学的资金申请审核分配监督机制，鼓励众多实验室遍地开花，改变‘大项目不评，中项目中评，小项目大评’ 的不合理格局。”
比较此二贴，可知颜宁在后贴只是把“25亿人民币”改作“nn亿人民币”；把“谁是一心为国，谁是为了自己的权力而结党营私？”改作“谁是一心为国，谁在搞科学界大跃进？”。并且改动结语“哎，中国著名的‘大科学家’哪，当你有了名利权，还请问问你自己的良心，还请睁眼看看这个中国！”改作“我从没和那些中国著名的‘大科学家’ 打过交道，但当你有了名利权，还请问问你自己的良心，还请睁眼看看这个中国！另，迄今为止，我所听说的是，海外生物学家们在欣喜国家对生物投资的同时，呼吁建立合理科学的资金申请审核分配监督机制，鼓励众多实验室遍地开花，改变‘大项目不评，中项目中评，小项目大评’ 的不合理格局。”