这里有的问题涉及哲学领域最抽象，最思辨，被叫作形而上学，或本体论的部分。研究存在，存在的本质，原因。如果你觉得作为物理学家，我只研究具体的物质结构，分子，原子，及其规律。不问这个世界到底是由什么构成，从哪里来，又到哪里去。“什么是物质?""什么是存在？”“上帝是否存在？”那是你的自由，并不代表所有人都是如此，不论科学家还是非科学家。本体论关心科学研究的成果，是从理解世界本质的角度去关心，并不提出具体的科学定律。比如马克思主义的哲学本体论，认为世界的本质是物质，物质指独立存在于人的意识之外的客观实在。物质本质上就是运动的，不需要上帝这个第一推动力，等等。我认可这些观点，也认可其中包含的运动与物质不可分，运动是绝对的(指运动变化的无条件，永恒与普遍存在)，质量转化(指
质量互变),物质不灭等是一种普遍存在的法则，是我在对自然科学成果的了解基础上得出的结论，有可能对，也可能错。你提出现代物理学的研究成果反驳的，只是我的理解，并不否定本体论所要关心的世界本原的问题，因此也不能否定哲学在这个层面的意义。事实上，即使根据马克思的哲学本体论，你的物质与非物质的碰撞的反驳，也可能是无效的。哲学上的物质指独立存在于人的意识之外的客观实在，当然包括物理学中的物质，反物质和能量。物理意义上的物质转化为能量，或互换，仍然是相对于人意识之外的客观存在。

物质基础决定意识形态，在政治经济学是指一般经济条件决定思想意识，比如富人一般是共和党，何时说经济条件唯一决定意识形态了？

现代哲学的分支，除了本体论而外有认识论，有时和本体论一起归入形而上学的领域，研究我们知识的性质，来源和发生的途径。如果你作为物理学家，并不关心“知识是否可能？”“知识
是否就是一种信念？”“是否存在无意识的知识？”诸如此类的问题，那也是你的自由。并不代表没有人关心这些哲学问题。科学哲学是更具体的关注科学研究和发展问题而产生的一个哲学分支。研究自然科学中理论实体比如电磁力，引力，电子，反物质的本质和现实性，因果规律，科学研究的方法，科学发展的规律之类的问题。其中的因果规律并不是逻辑关系，也不简单，在科学哲学没有分化出来之前，从亚里士多德起就是哲学研究的对象。你硬说不关哲学什么事，非要把这碗饭从哲学家口里夺走，有点蛮横不讲理。

除此之外，哲学关注何为正确的推理判断过程这个一般性问题产生了逻辑学，也是从亚里士多德起就是哲学研究的领域；关注人文社会领域的结果，产生了伦理哲学，政治哲学，法哲学，艺术哲学(美学),甚至语言哲学和数学哲学，等等。哲学的意义也就体现其中。因此也不能仅仅从自然科学判断哲学的意义。