八月二十三日，丁汝昌向李鸿章电告接仗情形：“‘济远’首先退避，将队伍牵乱，广甲随逃。若不严行参办，将来无以儆效尤而期振作”。李鸿章因而作出奏请：“兹据丁汝昌查明，‘致远’击沉后，该管驾方伯谦即行逃走，实属临战退缩，应请旨将该副将即行正法，以肃军纪。‘广甲’管带澄海营守备吴敬荣，亦随‘济远’逃至中途搁礁，咎有应得，惟人尚明白可造，可否革职留营，以观后效”。二十四日清政府下令将方伯谦“撤任，派人看管候奏参”。同日，军机处电寄李鸿章谕旨：“本月十八日开战时，自致远冲锋击沉后，济远管带副将方伯谦首先逃走，致将船伍牵乱，实属临阵退缩，著即行正法”。翌日凌晨5时，方伯谦在旅顺黄金山下大船坞西面的刑场上被斩首，时年41岁。