根据《国家地震应急预案》，发生特别重大地震灾害，经国务院批准，平时承担领导和指挥调度防震减灾工作的国务院防震减灾工作联席会议，转为国务院抗震救灾指挥部，统一领导、指挥和协调地震应急与救灾工作。

位于北京市海淀区复兴路63号的中国地震局，从5月12日下午起成为国务院抗震救灾指挥部所在地。

目前，该指挥部的指挥长由国务院副总理回良玉担任。副指挥长包括了国务院、中国地震局、总参谋部、发改委和民政部的主要领导，指挥部成员则还囊括了其他各部委的领导。地震局局长则还兼任该指挥部办公室主任一职。

位于北京的国务院抗震救灾指挥部主要负责后方的统筹协调，以及人员、资源的调配，而目前设立在都江堰的前线指挥部则主要负责现场的调度安排，由国务院总理温家宝亲自坐镇指挥。前线指挥部下辖救援组、预报监测组等八个工作组。

汶川地震事发突然，地震发生之时，回良玉和中国地震局局长陈建民尚在国外访问，来不及赶回，不过中国地震局还是在第一时间启动了一级应急预案。目前主要是中国地震局副局长赵和平在此主持指挥部日常工作。

中国地震局三楼的指挥部正好装修还没结束，指挥部的部分功能已经转移到了位于北京西城区三里河的中国地震台网中心办公大楼。

中国地震台网中心办公大楼，该大楼2007年6月才正式启用，在这座大楼的地下三层，已经建立了一个设施先进、装修完善的指挥部。在大约200平方米的指挥大厅正面，挂着巨大的液晶屏幕，上面同时显现出其他部委和相关单位会场的画面。

根据预案，特别重大地震灾害事件发生后，地震灾区的各级人民政府组织各方面力量抢救人员，组织基层单位和人员开展自救和互救；灾区所在的省（区、市）人民政府动员非灾区的力量，对灾区提供救助；邻近的省（区、市）人民政府根据灾情，组织和动员社会力量，对灾区提供救助；其他省（区、市）人民政府视情况开展为灾区人民捐款捐物的活动。