对传主擅做评论本来就已违反“中立”原则，何况连篇累牍的
全都是来源不明的匿名攻击和谩骂，正面的评价一句也没有，
连“认为其欺世盗名”都敢写入“百科全书”，真给维基丢
脸（哪天我吃饱了撑了，也来状告中文维基诽谤:-)）。幸好
我从不使用中文维基，也建议大家都不要用。

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新語絲網站主页上的“新到资料”平均不到两天更新一次，其中发布的所有文章都需要通過方本人審核。新语丝上争论的话题很广，很多時候也會有选择地同时刊登正反两方面意見。由于在揭露学术腐败、打击伪科学中，方舟子敢于触怒科学界当权者，所以他及其新语丝网站受到相当的支持与信任；许多在学术体系中生活、并接触到学术腐败的学者，都把自己所了解到的情况通知方舟子予以揭发，这使得新语丝网站的获得一些声誉。但是由于方舟子的完全控制，新语丝被部分网友称为一手遮天，里面内容完全一边倒，只刊登支持或者有利于方舟子观点的文章，有失偏颇，所以在海外华人其他网站对新语丝有很多不同意见。有些网民甚至把方舟子、新语丝和中国文化大革命时代的大字报相提并论。在2001年一篇题为《一点声明：我的人文主义原则》里，以及在之后几次回复网友问题时，方舟子并不讳言自己的倾向性，也坦承新语丝并非中立媒体，但在不违反一定原则时不会拒绝反对意见。
很多海外华人在肯定方舟子打击学术腐败的同时，也质疑其行为和语言过于极端，把自己摆在法官的位置上，某些取证也不够严谨，错伤无辜而从不道歉[來源請求]。由于学术腐败涉及到许多不同学科，加之国内信息透明程度的有限，所以有人认为方舟子也有过于草率下结论的情况，有些时候也无法做到公正中立[來源請求]。对反对意见和批评声音，偶尔也会有过激的反应[來源請求]。

网络辩论

从1993年起，他就参与“ACT”上的网络辩论。自2004年底，方舟子参与的一些网络辩论产生了比较大的社会影响，如：

* 2005年1月：《“敬畏大自然”就是反科学》
* 2005年3月：《我们应该怎样看待中药》、《就这样被慢慢毒死》等大量主张废除中医的文章
* 2005年4月：《直击伪环保反坝人士》
* 2006年4月 《 警惕盗版“维基（wiki）》[來源請求]

由于这些议题已经从通常的学术打假、反伪科学中走向了更广且更有争议性的领域，对这些议题的不同意见相比之前更多地见于网络和各种媒体。部分网友对于方舟子在后两个网络辩论中的意见持有相当的保留意见，认为其欺世盗名[來源請求]。