方舟子打击作假和伪科学，相信头脑情醒的人都会表示支持。假设被方舟子打击过的人会说出这样的话，我们没有作假，我国的科技事业现在还很落后，方舟子打击我们就是打击我们国家的科技事业。对这种论调只需要指出来他是否作假就够了，你的论文是在什么样的期刊上发表的，是否得到相关团体的认可，评价论文的相关指数是否足够高，用证据来说话。科学就是这么清楚，打击作假和伪科学也很清楚。根本不会有人说你方舟子享受着科学成果，还要反过来打击我们搞科学研究的人，我相信他们的脸皮也不会那么厚。对于方舟子打击我国的科技事业这样的论调根本不值一驳。

但是一旦涉及到民主自由的领域，情况就不同了。方舟子批评了某些搞民主自由言论的人士，会有人说我国现在刚刚取得了一点言论上的自由，方舟子正在享受着它，打击搞民主自由言论的人，就是打击民主。对此你指出他们是伪自由主意者，他们又会抬出其他的观点来。这时就变成了观点之争，不像打击伪科学那么清清楚楚。
但是这并不代表某些搞自由民主言论的人就不能批评。
究竟是批评了他们就会给我们刚刚取得的一点言论自由带来损害，还是他们真的就代表了言论的自由。如同谁也代表不了科学一样，谁也代表不了言论自由，也如同对待伪科学一样，指出伪自由主意者的伪，就是对民主自由的促进。
还有一种更恶毒的语言来自于罗永浩，方舟子不但打击搞民主自由言论的人，而且根何祚庥走的很近。言下之意，方舟子还支持独裁专制，这已经是扣帽子泼脏水的诅咒了。我宁愿相信罗永浩是在情绪激动内心怨毒的情况下写下了那些字句，而非出于本意。