1) 发现青蒿素过程中的关键性贡献有争议: 由于“523”项目是一项庞大的合作研究工作，前后有全国各地不同单位的数以百计的人员参与其中，因而青蒿素的发现在过去很多年里都被强调是集体成果。2006年由原全国“523”领导小组办公室副主任张剑方主持编写的《迟到的报告》一书，就这样强调：“青蒿素的研制成功，是我国科技工作者集体的荣誉，6家发明单位各有各的发明创造。但可以断言，从传统医药中，用现代的科技手段研制成功一种新结构类型的新药，发明证书上的6个单位中，无论是哪一个单位，以当时的人才、设备、资金、理论知识和技术，哪一家都不可能独立完成。”

2) 在评选院士过程中，屠呦呦在学术同行中声誉不高屡被举报。
屠呦呦的老同事李连达院士说，屠呦呦除了“不善交际”，还比较直率，讲真话，不会拍马，比如在会议上、个别谈话也好，她赞同的意见，马上肯定;不赞同的话，就直言相谏，不管对方是老朋友还是领导。