1969年，时年39岁的屠呦呦以中医研究院科研组组长的身份加入523项目。屠呦呦与同事一起查阅了大量药方，从中找出了出现频率较高的抗疟中草药或方剂，其中，青蒿提取物有明显的抗疟效果，对鼠疟原虫曾有过60%~80%的抑制率。

　　1971年下半年，屠呦呦从东晋葛洪所著的《肘后备急方》一书中受到了启发。书中记载了“青蒿一握，以水二升渍，绞取汁，尽服之”的内容，屠呦呦由此认为高温有可能对青蒿有效成分造成破坏，从而影响疗效。于是，她降低了提取温度，由乙醇提取改为用沸点更低的乙醚提取，结果发现，乙醚提取法的提取物对于鼠疟和猴疟的抑制率均达到100%！

　　张剑方主编了《迟到的报道——五二三项目与青蒿素研发纪实》一书，书中记录了中国发明青蒿素的不少内幕。该书称，1972年3月，全国523办公室在南京召开中草药专业组会议，屠呦呦作为中医研究院中药研究所的代表，报告了青蒿对鼠疟原虫近期抑制率可达100%的实验结果，引起全体与会者的关注。参与523项目的云省药物研究所和山东省中医药研究所的工作人员开始着手利用当地的植物资源，分别开展分离有效单体的研究。

　　张剑方说，屠呦呦的研究对其他单位有启示作用。北京中药所在老鼠和猴子身上做了实验，效果不错。屠呦呦在一次会议上介绍了情况，云南的研究人员听后深受启发，很快就从当地的黄花蒿中提取了青蒿素，并投入了临床。