什么算是一个物种本来就已经有很多定义，按照最常见的生物学物种定义不同的物种就应该是生殖隔离，彼此之间不能有基因交流了。问题是这个定义在实际上基本没有可操作性，大多数物种在鉴定的过程中不可能真的去严格检验是不是不能和其他物种的产生有繁殖力的后代。另外更麻烦的是本身这个生殖隔离的要求也模糊，来了个在自然条件下正常地不会杂交，这就更没法准确判断了。所以实际上采用的物种划分经常应该算是理论上的生态型或地理型，只要形态上出现了独特的可清晰分辨的稳定特征，即使其实和其它相近种群的个体还能够成功繁殖，也算是一个独立的物种了。
所以一旦追究起来，实际上的物种和理论物种概念那是一定要冲突的。发现“本不该有”的基因交流甚至是公然“杂交”都是可以预期的结果。