计算有误,更正



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送交者: 桂铭 于 2006-1-24, 23:53:26:

回答: 再论链霉素残留问题并答赵利军 由 桂铭 于 2006-1-24, 22:56:12:

多谢网友郭发德(Godfather)的讨论,因为丘小庆使用的蛋白纯化柱CM-sepharose column是弱阳离子交换柱(吸附阳离子)。理论计算colicin Ia的pI是9.16,融合蛋白是9.03,在pH9的条件下仅带0.4个正电荷。这样的话,蛋白的确结合不牢固,容易被洗脱丢失。链霉素在pH9.0的条件下带正电荷,可以被带负电荷的交换柱吸附,并很可能随蛋白的洗脱而洗脱,残留在蛋白溶液里。

但是,丘的早期文章也是用相同的条件制备colicin Ia,虽然条件不理想,但是他应该还是得到了产品。

另外,上交换柱之前如果做了充分透析,链霉素的残留仍然应该非常低。在pH9的条件下,目标蛋白和链霉素都带相同的正电荷,应该不会结合,也就是应该很容易在透析过程中被分开。张杰说:80-100ml破菌上清液加入数克硫酸链霉素后,在半小时至一小时搅拌中析出大量DNA-硫酸链霉素沉淀物,离心去除沉淀物后装入透析分子量15,000的透析袋(硫酸链霉素分子量1,450左右),经两次各5000ml透析液透析16小时(XYS20060116)。丘小庆说,经第一次沉淀离心后,“300ml上清液中还残留600mg链霉素” (XYS20060118)。

300 ml经过两次各5000ml透析,链霉素将会被稀释近310倍,以600mg的原浓度看,最后300ml中链霉素应该只剩1.9 mg。就算以赵利军说的那样,“丘小庆在200ML的细菌裂解液上清中加入12克链霉素(一般是3克)” (XYS20060123),仅仅两次透析后(不包括离心除去DNA-链霉素沉淀),200ml中也应该只剩17.7mg。最终洗脱体积是30ml(XYS20060118),交换柱即使富集了残留的链霉素,只有0.58 mg/ml,仍然不应该达到4.6mg/ml的程度。如果操作正确的话,透析袋去除小分子无机物是很有效率的。当然,我们不知道在具体操作过程中,会有什么别的失误。

药物作用的特异性与浓度关系,是说药物在某一浓度范围内可以对某种事物(菌)的某一特性发挥比较专一的作用,超过这个浓度范围,有可能发挥其他的作用。丘用游离的AgrD1来拮抗过PH-SA的作用,显示其是通过AgrD1的特异识别来发挥作用的(Fig4c)。这对PH-SA作用的特异性,是一个很好的说明。

说某种细菌对某种药物耐药,并不意味就不能被该种药物杀灭,这是相对于其作用浓度而言的。链霉素对MRSA有一定的MICs值,并不奇怪。请参考http://www.cnaho.com/onlinehelp/medic_help.asp

丘说:该制备中抗菌多肽含量为1mg/ml左右(XYS20060118)。PH-SA的工作浓度是1~5 ug/ml,就是说,要稀释1000~200倍。4.6mg/ml的链霉素被稀释1000~200倍,就是4.6~23 ug/ml。赵利军引用的文献里,链霉素的MICs是32~64ug/ml。23 ug/ml的链霉素还没有达到链霉素最低抑MRSA菌所需的浓度,谈不上对MRSA有杀菌作用。

是实验设计不佳,还是人为操作失误,还是有意造假?科学研究中出现的问题,不是清官难断的家务事,是可以通过科学原理常识等来推导演绎的。既然是学术争鸣打假,就应该让科学说话。




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