春秋战国时期承周制，医学已有疾医(内科医生)、疡医(外伤科医生)、食医(营养医生)和兽医之分是肯定的。《史记.扁鹊仓公列传》记载扁鹊曾为带下医、小儿医、耳目痹医(五官科)，说明从周过渡到春秋战国时期，医学渐趋专科化倾向。
中国古代医学理论体系的形成，经历了由萌芽到成熟，由简单到复杂、由纷乱到统一的历史过程。中医学在春秋时期已产生了一些概念和简单的理论认识，而到《内经》时代则形成了比较系统的理论。中医理论的形成，不仅是以春秋战国时医家们的实践经验为基础的，当时的自然哲学也发挥了相当重要的作用。
经脉系统当初是如何被发现的？这是中国医史研究至今争论未决的难题。有人认为，经脉是由于古人在长期的生产生活及医疗活动中逐步发现人体有许多通过一定的刺激，如压、按、刺、灸等可以治疗病症的点(即穴位)，进而发现许多有相同或相近治疗作用的点基本分布在一条线上，这一条条有相同治疗作用的点的分布线就是经脉。有人则认为，经脉是通过“感传”现象而发现的，即古人在偶然发现肢体某些部位受刺激后会产生胀、麻或似“气行”等感觉沿着一定路线传导的现象时，这一条条相对固定的感传路线就被认为是经脉。还有人认为，经脉当初就是指血管，经脉的循行和分布是古人在可见(包括解剖)的血管循行分布路线的基础上推想出来的。另外还有人认为，经脉是通过练气功而发现的，当气功练到一定的程度时便会体会到身体中有气沿着一定的路线移行，这种气行路线便是经脉。
我们认为，第一和第四种观点不能成立。按照第一种观点，应该是首先发现了很多穴位及其治疗作用，才会有对“经脉”的认识，然而，历史实事相反，已知最早的论述经脉的医书《足臂十一脉灸经》和《阴阳十一脉灸经》中只有经脉循行部位的叙述，而没有穴位记载，其灸法治病也只提“灸某某脉”而不说“灸某某穴”，足见“经源于穴”的说法是不能成立的。第四种观点是在近几年的“气功热”中产生的，它没有充分的证据能证明先秦时期已有能使人体验到自身气行的气功，先秦文献从未提到练气功与经络的关系；同时，气功师所感受到的“气行”是循环连贯的(所谓“小周天”与“大周天”)，而两部《十一脉灸经》所记述的经脉循行却未构成循环连贯的路线；《内经》所描述的十二正经及其分支和经别、奇经八脉、十五大络等循行路线也绝非练气功所能自我体验到的。
经脉系统的发现当与“循经感传”和血管有关。从《内经》对“脉”的论述可知，“脉”本来即指血管。
既然“脉”(经络)原指血管，那么“经络”的发现自然也就与血管的发现有关；体表观察、触摸和解剖观测就是发现“经络”的基本途径。
但是经脉系统的循行分布与现代解剖学所发现的人体血管系统大部分并不相符，因而经脉系统不可能是完全通过观测血管而发现，经络系统也不等同于血管系统，“经络”还包括了血管以外的人体组织或物质。经络有“感传”的特性，根据报道，循经感传现象的出现率在20%左右，而且与古代经络的循行路线基本相同。因此大部分经脉行路线可能是通过循经感传现象而发现的。
至于经脉与脏腑之联系的确定，一方面是在针(砭)灸临床实践中发现针灸某经脉能治疗某脏腑的疾病，由此推论经脉与此脏腑有联系；另一方面则是运用阴阳五行学说等自然哲学理论对脏腑经脉关系所作的理论上的推演。
病因学说
据《左传.昭公元年》记载，春秋时秦国著名医生医和为晋侯治病提出：阴、阳、风、雨、晦、明等六种天气现象的太过会导致人体发生疾病。医和的“六气”病因论开创了中医外感病因学说的先河，是后世“六淫”病因论之滥觞。
《五十二病方》中有一些关于病因的记载。例如，该书认为外伤所引起的“痉”证是由于“风入伤”(马王堆汉墓帛书整理小组《五十二病方》，36、40页，文物出版社，1979年)引起的；“婴儿索痉”是因“产时居湿地久”(马王堆汉墓帛书整理小组《五十二病方》，36、40页，文物出版社，1979年)即感染湿邪所致。此外，《五十二病方》所提到的病因尚有犬或狂犬咬伤、毒蛇和其它毒虫咬伤、植物中毒、寄生虫等等。
到战国时期，人们对病因认识更为拓宽和加深，已从天气现象、个人生活环境、饮食劳作、生活习惯、精神情志、社会环境等多角度探索病因，由此形成了更为科学的病因学说。这种病因学说在战国诸子著作中也多有涉及。例如《韩非子.杨权》云：“夫香美脆味，厚酒肥肉，甘口而疾形” 。(《韩非子》卷二，1123页，《二十二子》本)。
《内经》对病因有更全面更深入的论述。《灵枢.顺气一日分为四时》云：“夫百病之所生者，必起于燥湿，寒暑、风雨、阴阳、喜怒、饮食、居处。”(《灵枢经》卷七，71页，商务印书馆。)。概括了《内经》病因的主要内容，也就是说，《内经》所论述的病因内容主要有天气因素(风、寒、暑、湿、燥、火)、情志因素(怒、喜、忧、思、悲、恐、惊)和饮食起居(饮食、劳逸、房事、起居等)三大方面，对于各种病因的致病特点，《内经》都作了不同程度的论述。
病机理论
病机理论的出现可以上溯到春秋时期。《史记.扁鹊仓公列传》所载虢中庶子及扁鹊关于虢太子之病病机的论述，涉及到正邪斗争及脏腑经络气血阴阳的失调。表明对病机的认识已上升到理论高度，病机学说已具雏型。《史记》同一篇还记载有扁鹊论齐恒侯之病每隔五日依次“在腠理”、“在血脉”、“在肠胃”、“在骨髓”。这是最早的疾病传变论述。
到战国时期，形成了比较丰富而系统的关于疾病发生、病理变化及其传变过程的病机学说。这一学说在《内经》中有集中的论述。关于疾病的发生，《内经》认识到是体虚与外邪共同作用的结果，邪气单方面并不一定致病，所谓“风雨寒热不得虚，邪不能独伤人”(《灵枢经.百病始生》卷十)；“邪之所凑，其气必虚”(《黄帝内经素问.评热病论》卷九。《内经》还认识到，疾病的发生与人的体质有关，不同体质类型的人，其所易患疾病是不一样的，例如，《灵枢.阴阳二十五人》还将人的体质按五行分为五大类二十五小类，并指出了各种类型的人所易患之病及其发病时间。
生活环境与人的体质及其疾病之间的联系在战国时也已被注意到。《素问.异法方宜论》对东、南、西、北、中五方的地理环境及其人们的饮食生活习性与各方人们的体质及其易生之病之间的关系进行了具体的分析和论述。
《内经》还注意到了社会因素与发病的关系。
重视疾病的发生与四时更替、月相盈亏等天时的关系，认为人与天地相应，不仅人之生理机能随天时而变化，而且疾病的发生和变化也受其影响。
关于人体在病邪作用下发病后的病机，《内经》也作了大量的论述，构成这一时期病机认识的主体内容。《内经》对病机的认识不仅涉及人体疾病的一般病理，而且还深入到许多疾病或病证的具体发病机制。关于人体疾病的一般病理，《内经》详明地论述了人体脏腑、经络、气血的各种病变形式及外在症候表现，如五脏六腑的虚实寒热、气机失调、经络气血凝滞、厥逆、十二经是动病和所生病，气血不足、气血逆乱、气滞血菀等等。关于各种疾病或病证的具体病机，《内经》深入地分析和描述了痹、厥、疟、风、伤寒、温病、两感、肾风、风水、酒风、消瘅、鼓胀、肠蕈、石瘕、血枯、肠蕈、伏梁、息积、痈疽、瘰疬、阴阳交等数十种内外科疾病和病证，这标志着中医对疾病的认识逐渐理论化和系统化。