将“从头计算与半经验计算”和西医中医相比较是不恰当的。从头算法不是不需要参数，只不过依据的是一些最基本，准确测量了的基本参数如电子的电荷，质量等。 从头算法需要极高的计算资源，虽然计算机技术在过去的几十年里发展迅猛，从头算法能够计算的分子并没有增加很大。目标分子每增加一倍，计算量要增加16到64倍。 但是除了最简单的原子，如氢原子，从头计算也有很多假设以及近似处理。因此分子越大，由假设近似引起的误差也会越大，使得从头算法的可靠性降低。

半经验的方法引入更多的假设以简化计算，比如分子力学中用牛顿力学代替量子力学，大大地增加了可计算体系的量度。但是，这些经验方法，没有一个是跟中世纪“炼金术”有关，也不是用“五行”来解释的。它依然是一种严格的计算方法，只不过要依赖于从实验，或者更严格的计算结果中获得的经验参数。