第三个困难是最致命的：达尔文找不到一个合理的遗传机理来解释自然选
择。当时的生物学界普遍相信所谓“融合遗传”：父方和母方的性状融合在一
起遗传给子代。这似乎是很显然的，白人和黑人结婚生的子女的肤色总是介于
黑白之间。汤姆逊的学生、苏格兰工程师简金(F. Jenkin) 据此指出：一个优
良的变异会很快地被众多劣等的变异融合、稀释掉，而无法象自然选择学说所
说的那样在后代保存、扩散开来，就象一个白人到一个非洲黑人部落结婚生子，
几代以后他的后代就会完全变成了黑人。达尔文虽然从动植物培养中知道一个
优良的性状是可以被保留下来的，但是他没有一套合理的遗传理论来反驳简金。
达尔文被迫做出让步，承认用进废退的拉马克主义也是成立的，可以用来补充
自然选择学说。事实上，在达尔文逝世（1882年）前后，生物学界普遍接
受拉马克主义，而怀疑自然选择学说。
如果达尔文知道奥地利遗传学家孟德尔（图3－10）的实验，就不会在遗
传问题上陷入绝境了。孟德尔在1865年就已经发现了基因的分离定律和独
立分配定律。生物遗传并不融合，而是以基因为单位分离地传递，随机地组合
（图3－11）。因此，只要群体足够大，在没有外来因素（比如自然选择）
的影响时，一个遗传性状就不会消失（肤色的融合是几对基因作用下的表面现
象）。在自然选择的作用下，一个优良的基因能够增加其在群体中的频率，并
逐渐扩散到整个群体。