Le Siècle は1892年に、数独と同様のパズルを掲載している（ただしこれは２桁の数字を使用していた）。1895年には別の日刊紙 La France が１桁の数字で9×9の盤面を埋めるパズルを掲載しているが、これは3×3のブロックを用いていなかった。これらのパズルはしばらくフランスのいくつかの新聞に毎週掲載されていたが、いずれも第一次世界大戦前後には姿を消した。

現在の数独は、74歳の引退したアメリカ人建築家ハワード・ガーンズが匿名で考案したものである。これは18世紀にスイスの数学者レオンハルト・オイラーが考案した、ラテン方陣あるいはオイラー方陣と呼ばれるものに、3×3のブロックという新たな制限を付け加え、ペンシルパズルとしたものである。これは「ナンバープレース」の名前で1979年にニューヨークの出版社デル・マガジン社から初めて出版された。

日本には、ニコリの「月刊ニコリスト」誌1984年4月号で、「数独は独身に限る」の題で初めて紹介された。命名者はニコリ社長の鍛治真起である。

1988年4月1日、ニコリから単行本「ペンシルパズル本6・数独1」が刊行された際、長すぎるという事で「数字は独身に限る」の略称として「数独」という名称が登場した。以後数年間は「数字は独身に限る」の方が引き続き正式名称であったが、1992年3月1日発行の「パズル通信ニコリ37号はる分」より、「数独」の方が正式名称となった。

数独の世界的な流行は、1997年にニュージーランド人ヴァイン・グールドが日本の書店で数独の本を手にとったことに始まる。グールドは数独をコンピュータで自動生成してイギリスの新聞タイムズに売り込み、2004年11月12日から Su Doku の名で連載を開始した。2005年4月から5月にかけてブームに火が付き、ザ・インデペンデント、ガーディアン、ザ・サン、デイリー・ミラーなどイギリスの主要日刊紙に軒並み掲載されるという状況になった。2005年7月1日にはテレビ局スカイ・ワンが、数独をテーマにした初のテレビ番組を放映。イギリスの人気は海外に飛び火し、パズルとしては1980年頃のルービック・キューブ以来の大流行と言われた。